El Parque Nacional Natural Alto Fragua Indi Wasi hace parte del piedemonte andino-amazónico, se ubica en la cuenca alta del río Caquetá, sobre el ramal centro-oriental y el nacimiento de los ramales central y oriental de los Andes colombianos.
El piedemonte andino amazónico-cuenca alta río Caquetá, comprende un espacio geográfico que contribuye a la conectividad biológica de tres centros de alta diversidad del planeta como lo son, el choco biogeográfico, los andes tropicales y la amazonía; está región alberga una alta riqueza de especies y es centro de diversidad cultural asociada a elementos naturales, en especial especies vegetales como yage (Banisteriopsis sp) y yoco (Paullinia yoco). Desde el punto de vista fisiográfico, esta región cumple un papel fundamental en la conectividad de los ramales centro-oriental, central y oriental de los andes colombianos con la llanura amazónica; así como a la regulación hídrica de la cuenca alta del río Caquetá la cual hace parte de gran cuenca amazónica. Por corresponder a un área significativa de esta región el PNN Alto Fragua Indi Wasi, es una pieza clave para la conservación de su diversidad biológica y cultural.